エラーが発生したケース
SourceTreeから行(ハンク)単位でステージングしようとするとgit applyがコード1で終了しましたとエラーが発生してステージングができない状態になりました。
ちなみにファイル単位のステージングは問題なくできました。

作業環境
- Parallels内のwindows10環境
- MacOS Mojave(10.14.6)
解決方法
SourceTree右下にあるdiffが表示される部分の歯車をクリックして空白文字を無視に変更します。

英語のソースはありましたが、日本語のものは英文を自動翻訳にかけたような不自然なものしか見つけられませんでした。